Двое сыновей Шуфутинского живут в разных странах. Женат певец был только один раз — на женщине по имени Маргарита, отношения с которой он официально оформил еще в 1971 году. В браке родились Дэвид и Антон, в 2015 году жена певца скончалась.
Дэвид был первенцем в семье, он родился в 1972 году. Мужчина занимался музыкой, затем кинематографом, потом выбрал совсем другую стезю, окончив Калифорнийский университет по специальности «Международная экономика и юриспруденция». Однако после этого Дэвид вновь углубился в мир кинобизнеса и даже приложил руку к созданию саундтреков для «Звездных войн».
Дэвид женат на Анжеле Петросян. С супругой он живет в Москве, воспитывает двух сыновей и дочку.
Младший сын Михаила Шуфутинского Антон стал военным врачом и служил в Военно-морских силах США. От сферы шоу-бизнеса он всегда был далек. Последние годы Антон преподает в университете Филадельфии, он женат на женщине по имени Брэнди и воспитывает четверых детей — дочку и троих сыновей.