Сейчас Милла замужем за режиссером Полом Андерсоном. Познакомившись в 2002 году на съемочной площадке «Обители зла», через 7 лет они поженились. Супруги продолжают любить друг друга и воспитывают дочерей Эвер и Дашиэль .
В феврале 2020 года Милла стала мамой в третий раз. У нее вновь родилась девочка. Полное имя новорожденной звучало как Ошин Ларк Эллиот Йовович-Андерсон, причем Ошин – это мужское валлийское имя.
Все свободное время Милла проводит время в кругу семьи, считая воспитание детей главнейшей задачей родителей, а также много читает и занимается спортом.
Актриса подчеркивает, что для нее очень важно ее происхождение.Она считает,что дети должны знать откуда они родом и учить родной язык.
На странице Миллы появилось фото,на котором она с детьми собирает свежие овощи из своей теплицы. Милла,как истинная украинка,считает,что нет ничего полезнее для здорового питания,чем овощи выращенные на собственном огороде.