Тем не менее,такой странный внешний вид не помешал Хелене устроить свою личную жизнь.
В2001 году ,на сьемках «Планеты обезьян»,Хелена встретила знаменитого режиссера Тима Бертона.
Бертон немедленно бросил свою подругу и объявил о начале отношений с Хеленой. Экс-подруга режиссера демонстративно показала обиду — модель продала на аукционе вещи, которые Бертон когда-то ей подарил.
Картер часто появляется в фильмах Бертона. У актрисы и режиссера подрастают сын Билли и дочь Нелл.
В 2014 году Тим Бёртон и Хелена Бонэм Картер расстались,но сохранили теплые дружеские отношения. Через 4 года Хелена начала встречаться с писателем Рэем Хольмбоэ.