В ходе эксперимента клеточную культуру Calu-3 (линия клеток рака легких) инфицировали вирусом. Через три, пять и восемь часов ученые брали зараженные и незараженные клетки для секвенирования матричной РНК (мРНК) и рибосомального профилинга. При секвенировании мРНК определяется первичная структура молекул РНК, являющихся продуктами активности генов; тем самым ученые могут определить, какие гены хозяина участвуют в процессе инфицирования. Рибосомальный профилинг позволяет узнать, какие молекулы РНК взаимодействуют с рибосомами, и наблюдать за процессом синтеза белков.
Оказалось, что инфицирование коронавирусом в целом негативно влияет на процесс трансляции, когда РНК и рибосомы участвуют в синтезе белка. Во-вторых, вирус вызывает быструю деградацию мРНК в цитозоле, подавляя сигналинг и не позволяя клетке активировать иммунную защиту против патогена. Кроме того, SARS-CoV-2 подавляет механизм транспорта мРНК из ядра клетки к рибосомам.
По словам ученых, эта тройная стратегия, похоже, является уникальной для SARS-CoV-2, позволяя ему перестроить механизм синтеза белка у зараженной клетки. Сигналы, которые клетка старается отправить для активации иммунной защиты, не трансформируются в белки, осуществляющие дальнейшую передачу сигналов, что приводит к замедленному иммунному ответу.